就在这段时间里，发生了不少事。少年侦探团又被阿笠博士带着去露营，世良真纯知道后立刻追了上去，强行加入。不出意外，果然出了意外，少年侦探团目击有人埋尸体，被锁在林间小木屋，还被放火。紧急之下，灰原哀吃了解药变大，把其他人救了出去。
世良真纯在圆谷光彦的手机里看见了他拍的视频，认出了这是灰原哀变大了。她是没见过雪莉的，但雪莉小时候和长大后变化不大，一眼就能认出是一个人。她之前是推测江户川柯南有解药，现在是完全确信了，她在江户川柯南身上没有偷到解药，或许可以换灰原哀。
安室透在不仅在作案手法上十分精彩，而且也涉及主线，红黑交锋上也很精彩，虽然最终红方保住了雪莉，但险之又险，如果不是贝尔摩德放水，红方不会那么顺利脱身。
【哦豁！列车篇终于到了！不过和原版好多不同。比起原版，这次多来了平次，幸亏列车是铃木家的，园子大小姐多搞一个车票轻轻松松。原版平次很早就知道柯南的身份，但没怎么参与主线，现在是真的要进入主线了。原版女主小兰一直不进主线，后期都边缘化了。】
【平次的推理能力和大阪府警本部长的爸爸都有用处，小兰除了让贝尔摩德放水，没什么用啊。虽然小兰武力值高，但对上琴酒这种军火库，总不能让她总是像京极真那样徒手抓子弹吧？京极真强的不科学都没进主线，徒手抓子弹，楼塌了还能背着园子打，那没得玩了。】
【安室真的狠，原版里是他把雪莉会去列车告诉贝尔摩德。贝尔摩德答应柯南不对小哀下手，于是贝尔摩德让安室杀。他是摆明要用雪莉当功绩往上爬。】
【安室是想活捉，认为组织需要雪莉继续研究，不会杀她。宫野夫妇是19年前加入乌丸集团的，同时搬家，安室再也没见过他们，雪莉是之后出生的，他和雪莉也没感情。没想到贝尔摩德偷偷在车上装了八嘎弹，想要炸死雪莉。本来琴酒是打算在名古屋站装八嘎弹，到时候整个车连带车站都炸飞，但那样小兰和柯南也全死了，所以贝尔摩德打算途中就动手。总之他们三个人有三个计划，就这样怎么可能赢得了红方啊？不过现在安室肯定会暗中保护，这次他不就把毛利电脑里的视频删了吗？】
琴酒想了想，他还是要上车，这才好玩。于是他花大价钱买了一张车票。贝尔摩德安排她和安室透上车，应该是害怕他动手的时候会伤害到江户川柯南和毛利兰，不过他不需要听贝尔摩德的。
在登车当天，琴酒看见了几个熟面孔，不过因为他住的车厢和其他人不一样，所以其他人没看到他。列车开了一段时间后，他去找赤井秀一，然后半途中看到一个把自己裹得严严时候，看起来就不是好人的人跑过来。琴酒想都没想就把人按地上了。
另一头少年侦探团跑过来，几个小鬼欢呼：“抓到犯人了！”
小岛元太抱怨着：“这样是不是不算我们抓到的？”
吉田步美说：“我们应该也算有功劳吧？”
江户川柯南和灰原哀因为推理游戏变成抓鬼游戏而有些兴致缺缺，是跑在最后面的，看见琴酒一个猛刹，都吓傻了。灰原哀躲在了江户川柯南身后，紧紧抓住他的衣服。
安室透和赤井秀一一直留意着灰原哀，所以也看到了琴酒，全都很惊讶。
琴酒扯掉了“犯人”的口罩，露出了安东的脸。圆谷光彦向琴酒解释：“这是神秘列车的推理游戏，他是假扮凶手的乘客。”
琴酒放开安东：“那你们继续玩。”然后就走了。
这下江户川柯南和灰原哀都没有玩推理游戏的心情了。江户川柯南偷偷跟上琴酒，灰原哀借口感冒不舒服，要先回房间，让少年侦探团自己去玩。少年侦探团发现安东不知道什么时候跑掉了，于是打算先回自己的房间。结果到了7车b室，毛利兰、铃木园子和世良真纯坐在里面，说这里是8车b室。