故事的主角凯登是出生在21世纪的普通人，因为热爱游戏王决斗卡牌游戏，在自己30岁的时候毅然决然的花光了自己所有的积蓄开了一家游戏王卡牌店，因生意火热，被一群社会渣渣盯上，在一番盯梢后，趁凯登进货时，这群渣渣就撬门入室盗窃，把钱全部卷走了，碰巧凯登没进到货就提前回来了，遇到了这群渣渣，终究是双拳难敌西手，死在乱刀之下，倒在血泊之中的凯登，在即将失去意识之前，模糊之间伍龙突然被一道强光笼罩，随后便失去意识…..随着那阵刺眼的光芒消散，凯登逐渐恢复意识。
同时耳畔还传来了熙熙攘攘的讲话声，随着声音的愈发嘈杂，凯登突然惊醒！
蹭的一下站起来，要不是能明显感受到胸前剧烈的心跳，凯登真的以为自己己经死了；望着周围陌生的环境，洁白的墙面，整洁划一的书桌，要不是有跟半个篮球场那么大的讲台和一面巨大的电子屏幕。
伍龙差一点以为自己在一间教室里，上课呢。
看着周围的学生，个个左手都戴着游戏王GX中的决斗表盘，凯登震惊不己！
这里是决斗学院？
一声突兀的铃声响起，周围嘈杂的议论声便逐渐安静下来，只见讲台上来了一个留着怪异金色长发，穿着奥贝利斯克蓝制服的教授。
这位风格打扮酷似欧洲贵族的教授开口说道：“各位报名决斗学院的新生们，你们好！
我是奥贝利斯克分院责任教授杰克.德.梅迪奇！
相信你们都是拥有热爱怪物决斗竟技的新生代，并努力成为守护世界和平的奉献者！
至从2240年地球接收受宇宙人的馈赠怪物高级拟态科技后，使一些拥有卡牌决斗天赋的人类之间觉醒了天命决斗天赋力量，觉醒初期社会制度一度崩坏，一些心怀不轨的觉醒者企图利用这种力量统治世界而建立了黑暗决斗联盟逐渐蚕食世界，不断开拓势力。
在经历了一段时间的社会动荡后，人类政府高层成立了决斗高校来培养