PIMA、ATL、RIPB等协会在制度、机构、运作上完全模仿美利坚总会，其人事组成也大量吸收殖民政府官员和美籍人士。它们的成立对菲律賓非政府组织的发展产生了积极示范作用，加深了菲律賓民众对公益慈善的认知，也为殖民当局在各行业中培植亲美势力、排挤亲西班牙势力提供了支持。以当时的医疗协会为例，在美利坚殖民统治之前，菲律賓最重要的医疗协会为菲律賓医疗药品大学（Colegio Medico Farmaceutico de Filipinas，Inc.），该协会为亲西班牙组织。1902年，在美利坚殖民政府的支持下，十多名美利坚及菲律賓本土医生成立了马尼拉医疗协会（MMS），并向美利坚医疗协会（American Medical Society）申请成为分会，次年获批成立菲岛医疗协会。该协会的章程、制度、医疗道德准则均照搬美利坚总会，1920年之前的主//席均为美利坚人，是一个完全亲美的医疗组织。菲岛医疗协会的主要成员来自殖民政府卫生机构，并被派往菲律賓各地，成为推动殖民政府医疗政策，普及美利坚医疗标准的关键组织。由于有殖民政府的扶持，菲岛医疗协会很快取代了菲律賓医疗药品大学的社会地位，成为菲律賓医疗界的带头协会，消除了亲西班牙势力在菲医疗界的影响力。
在宽松的制度环境下，一批本土非政府组织也应运而生，如菲律賓妇女协会（Asociacian de Damas Filipinas）、天主教妇女联盟（Catholic Women’s Federation）、马尼拉慈善总会（Associated Charities of Manila）等大型组织以及为数众多的劳工组织、农民组织、学生组织、青年组织、互助协会等小型组织。其中影响力最大的组织是1901年成立的民主工人联盟（UOD），它的出现标志着菲律賓现代群众运动的开始。部分劳工组织还具有明显的左翼意识形态，如菲律賓农民联盟（Katipunan ng mga Anak Pawis ng Pilipinas），该组织后来与菲共有密切联系。不愿意进入菲岛医疗协会的本土医生在1930年成立了菲律賓私人医疗联盟（PFPMP），该组织也具有反殖民统治的意识形态。20世纪20—40年代，菲律賓穆斯林非政府组织开始出现，如穆斯林青年协会、和乐之子协会、哥达马都穆斯林青年联合会等。
1900年后，为迅速建立起新型殖民体制，美利坚殖民政府一面向菲律賓派遣大批新教教士，分化原本忠于西班牙的菲律賓天主教教会；一面对天主教教会的基层势力进行限制，同时也限制那些具有民族主义倾向的独立教会，如阿格利教派。美利坚殖民政府通过立法手段切断了菲律賓天主教教会与非政府组织的直接联系，导致天主教教会在非政府组织中的影响力迅速降低。卡里诺认为，1917年成立的马尼拉慈善总会标志着在政教分离短短二十年后，慈善已经与救赎灵魂脱钩，成为非宗教的、纯人道的事业。菲律賓计划生育组织，这一违背天主教教义的非政府组织也被美利坚殖民政府批准成立。在教育、医疗领域，随着一系列公立学校、医院的建立，菲律賓天主教教会所属教育、医疗机构的重要性大为降低。
新教教会各派系也利用这一时机，在菲律賓划分势力范围，分别成立各自的宗教服务组织。如新英格兰教派在1903年成立了圣如克医院（Saint Luke Hospital），卫理公会教派在1906年成立的玛丽约翰斯顿医院（Mary Johnston Hospital）。青年基督教协会（YMCA）是其中影响力最大非政府组织，它既是新教的宣扬者，又是新教与天主教发生冲突时的协调者。菲律賓天主教本土教会也对新兴的基层非政府组织进行资助，如菲律賓独立教会（IFI）在这一时期大量资助基层农民、工人组织，菲律賓第一个工会联盟——民主工人联盟正是在它的帮助下创立的。
虽然在美利坚殖民政府的制约下，菲律賓天主教教会无法再像过去那样主导非政府组织的发展，但为了自身的生存与发展，天主教教会在逐渐转向效忠美利坚的同时，积极在基层建立各种非政府组织，以争取民众的支持。而美利坚殖民当局在削弱菲律賓天主教教会影响力的同时，也试图将天主教教会作为对抗共产主义的意识形态武器，允许其在基层发展非政府组织。20世纪30年代，天主教教会以马尼拉大学（Ateneo de Manila University）为中心发动“帮助穷困和被压迫人民的社会行动”，建立了一个**产主义的天主教非政府组织网络，并将该网络向农村渗透，以对抗在共产主义运动中势力不断增长的左翼商业联合会和农民协会。该网络以宗教形式在社会各阶层中吸收成员，规模和影响力不断扩大，成立了众多基层非政府组织，其中影响力较大的有天主教妇女联盟（Catholic Women League）、百乐麦福音联盟（Bellermine Evidence League）、切斯特顿福音联盟（Chesterton Evidence League）等。菲律賓天主教教会建立和资助这些非政府组织的目的不仅是教会适应菲律賓社会发展进步的新趋势，更重要的是为了对抗反宗教、反天主教的思想宣传。
这些非政府组织在二战后不断壮大，引发了一场涉及意识形态、政治和宗教三大领域的社会民主运动，深刻地改变了菲律賓的社会结构。
美统殖民时期，旨在保护和发展农业的合作社制度也正式确立起来。美利坚殖民当局通过了两项重要的合作社法令——《农村信用法》（Rural Credit Law）和《市场合作法》（Cooperative Marketing Law），为菲律賓合作社的发展奠定了基础。布兰肯地区长官桑迪科（Teodoro Sandiko）由于积极引入欧洲合作社制度，并推动相关立法，被称为“菲律賓合作社之父”。桑迪科早年在德意志留学，对欧洲合作社制度留下了深刻的印象。在成为地区长官后，他决心将合作社制度引入菲律賓。他起草了相关法案提交立法机构，并联络一些议员加以推动。该法案几经波折最终于1914年2月11日通过，称为《农村信用法》，法令规定合作社的主管单位为农业部。1916年10月18日，菲律賓第一个正式合作社——卡布南图安农业信用合作社（Agricultural Credit Cooperative Association of Cabanatuan）成立。到1926年，菲律賓共成立了544个农业合作社，分布在42个省，1930年这一数字上升到571个。1920～1930年，仅马尼拉附近的农村地区就成立了数百个农业合作社，成员号称超过10万人。1927年12月9日，另一部重要的合作社法令——《市场合作法》也获得通过，该法令是《农村信用法》的配套法令，主要目的是通过合作社模式推动农产品的销售。但该法令未能充分调动起农民的积极性，到1929年，仅成立了164家市场合作社，成员5000人。
美统殖民时期的菲律賓合作社虽然取得部分成绩，但由于经营不当，大部分合作社很快陷入了名存实亡的困境，无法正常运作。到1928年，90%的农业信用社由于资金耗尽，不得不停止运作。市场合作社方面也面临同样问题，1930年，仅有35家市场合作社向商业部上报了销售情况，这表明80%的市场合作社没有实际运作。
这一时期合作社经营不善的主要原因是单纯地模仿欧洲合作社运作机制，而缺乏对合作社运作