事实上，侵占波兰是第三帝国第三次成功吞并他国领土。1938年，德意志吞并了独立的奥地利共和国。同年后期，德军毫无阻拦地进入了捷克斯洛伐克境内的德语边境地区。这两个行动都被国际协定所认可，大体上也被这些区域的居民所欢迎。这可以看作是对《凡尔赛条约》的正当修正，因为《凡尔赛条约》虽宣扬民族自决的基本原则，却不同意上述中东欧地区的德语人群实现此原则。但在1939年3月，小胡子就已经明显违反了前一年的国际协定，德军迈进了捷克斯洛伐克的其余领土，将它肢解，并在捷克地区建立了波希米亚和摩拉维亚保护国（Reich Protectorate of Bohemia and Moravia）。这是第三帝国第一次大量占领中东欧非德语区领土。事实上，呐粹计划在中东欧和东欧为德意志人拓展一个新的“生存空间”（Lebensraum），让斯拉夫民族失去地位，沦为德意志主人的奴隶和供养者，该计划酝酿已久，这只是第一步。在新的保护国中，捷克人被当作二等公民看待，为了补充急需的劳动力，那些被征召进德意志战地和工厂的人都受到了极其严厉的法律和警察制度监管，其严苛程度比德意志人自己在小胡子统治下所经历的还要大。
同时，捷克以及新（名义上）独立的斯洛伐克都获准设立自己的政府、法院和其他机构。一些德意志人至少对捷克文化保留了一定程度的尊重，而且捷克的经济无疑是很发达的。但德意志人对波兰和波兰人的看法就负面得多了。独立的波兰在18世纪被奥地利、普鲁士和鹅国所瓜分，一战结束后才重新成为主权国家。在那一时期，德意志民族主义分子大多认为波兰人根本无法管理自己。“波兰式的混乱”（Polenwirtschaft）是一个表达混乱和无能的常用短语。在学校教科书中，波兰通常被描述为一个经济落后又信仰天主教迷信的形象。入侵波兰对波兰境内讲德语的少数民族并没有起到什么作用，因为他们只占总人口的3%。与此相较，在捷克斯洛伐克共和国境内，德意志人占到了居民总数的将近1/4。在这种想法的长期灌输下，几百年来，德意志人都认为他们承担着教化波兰的使命。现在是时候再来一次了。
在战前，小胡子对波兰和波兰人并没有什么偏见，与他一直都不喜欢的捷克人相比，他对波兰的个人态度比较模糊，但对捷克人的厌恶却是在1914前的维也纳就已经形成。华沙军政府拒绝对他提出的领土要求做出任何让步，这使得他关注波兰并迅速转变了对波兰的态度。与之相对，1938年捷克人在国际压力下屈服，愿意与第三帝国合作，同意其肢解甚至最终控制他们的国家。英法两国拒绝迫使波兰对第三帝国的某些要求做出让步，比如将但泽还给德意志，这让局势变得更糟了。1934年，小胡子与波兰人缔结十年期的互不侵犯条约，表明波兰在未来有可能成为在德意志主导的欧洲秩序下的一个卫星国。但是到了1939年，波兰已经成为第三帝国向东扩张的严重障碍。因此它必须从地图上消失，并且要受到残忍的掠夺，以为即将到来的西线战事做经济上的准备。
1939年8月22日，入侵前的最后准备正在进行，而要如何处理波兰的决议还没有敲定，小胡子就接下来攻打波兰的设想，对他的主要将领说道：
“我们的力量在于速度和粗暴。成吉思汗毫不留情地宰杀了成千上万妇女和儿童，历史却只把他看作是一个国家的伟大缔造者……我已经下令，敢有丝毫反对的人都格杀勿论。战争的目标不在于夺取某个阵地而在于彻底歼灭敌人。因此，目前仅在东面，我已经命令“骷髅总队”做好准备，将波兰民族和讲波兰语的男人、女人和孩子通通处死，不得手软……波兰人将会锐减，波兰终将由德意志人定居。”
他告诉戈培尔，波兰人“兽性多于人性，完全是又愚蠢又丑陋的......波兰人的污秽令人无法想象”。他认为波兰就该被征服，绝不能手软。1939年9月27日，他告诉呐粹党理论家阿尔弗雷德·罗森贝格（Alfred Rosenberg）说，“波兰人徒有日耳曼人的外表，皮囊下净是见不得人的东西......城市布满了灰尘......如果接下来的几十年，波兰再继续统治这一古老的日耳曼地区，一切都会变得腐朽和衰败。现在需要有一个果敢的人来治理。”
小胡子的自信心一天天膨胀，直到1939年9月，也没有任何迹象表明英法将会出手援助波兰人。德军的胜利更是增强了他不可战胜的信心。第三帝国建立波希米亚和摩拉维亚保护国主要是出于战略和经济考量。但占领波兰后，小胡子和呐粹分子首次打算全面推行其种族主义意识形态。沦陷的波兰成为小胡子在中东欧建立新种族秩序的试验场，他试图接下来在中东欧地区——白俄罗斯、鹅国、波罗的海国家和乌克兰——复制该模式。呐粹之前曾提出在东部为德意志人建立新“生存空间”的想法，而现在这一举动意味着当初的理论将要付诸实践了。
小胡子本打算让波兰人在残留的领土中自治，但到了1939年10月初，他已经完全放弃了这个想法。大块的波兰领土被帝国吞并，重新划分并建立了新的但泽—西普鲁士帝国大区以及波森帝国大区（Posen，不久更名为瓦尔塔兰［Wartheland］），前者由但泽的呐粹党地方管理人阿尔贝特·福斯特（Albert Forster）管理，后者由但泽前参议院主席阿图尔·格赖泽（Arthur Greiser）管理。波兰的其他国土并入帝国现存的东普鲁士和西里西亚行政区。这些举措使第三帝国的国境线向东推进了大约150～200千米。总共9万平方千米的领土被并入了第三帝国，随之并入的民众人数达到了1000万，其中80%是波兰人。
波兰的其他部分就是所谓的“总督府”（General Government），处在汉斯·弗兰克（Hans Frank）的专断统治之下。弗兰克是呐粹的法律专家，20世纪20年代，他因在刑事案件中为呐粹党人辩护而声名鹊起，之后升任帝国司法专员以及呐粹律师联盟负责人。尽管他对小胡子忠心耿耿，但弗兰克与海因里希·希姆莱（Heinrich Himmler）及党卫队冲突不断，因为希姆莱不像他那样尊重法律程序，而将他调到波兰是疏远他的最简便的方法。
然而，因其丰富的法律经验，弗兰克很适合建立一套全新的行政体系。总督府包括卢布林区（Lublin）以及华沙和克拉科夫省的部分地区，总共有1100多万名民众。与波希米亚和摩拉维亚不同，它不是一个保护国，而是一块殖民地，不在帝国统辖范围内，亦不受其法律约束，生活其中的波兰居民实际上既无公民权也无国籍。弗兰克担任总督，几乎处于至高无上的地位，而他的残暴倾向很快就转化为实际的暴行。福斯特、格赖泽和弗兰克身居行政要职，如今，波兰的整个沦陷区都操纵在呐粹运动中冷酷无情的“老战士”手里，预示着极端的呐粹意识形态将会得到全面贯彻并成为占领区的指导原则。
1939年10月17日，小胡子向一小部分高级官员宣告了他的意图。小胡子告诉他们，总督府将从脱离帝国中而自治。它将是“激烈的民族斗争之地，这种斗争不容许任何法律制约，斗争方式和我们的普遍原则也相悖”。他不会试图在这里建立高效而有序的统治，“必须让‘波兰的混乱’继续发展下去”。但交通和通信必须维护，因为在将来时机成熟时，波兰将会是入侵苏联的“成熟跳板”。除此之外，“任何试图稳定波兰局势的努力都将受到压制”，行政管理的任务并不是“为国家奠定良好的经济和财政基础”。绝不给波兰人表达自己主张的机会，“必须阻止波兰知识分