反抗运动由具有学术背景的中产阶级牧师发起，并逐渐壮大起来。柏林的教区牧师加入了反抗行列，其中1/4的核心团体都出自神学家家庭或牧师家庭；对他们来说，虽然战争经历使他们成为坚定的民族主义者，但宗教价值仍然是第一位的。他们之中只有5%是呐粹党员，这和柏林德意志基督徒中的40%形成鲜明对比。许多参与抗议的牧师来自普鲁士中部省份，那里离种族冲突激烈的边境地区相对遥远。他们拒绝德意志基督徒缺乏文本基础的神学创新。反抗运动首先从圣经学习小组开始。与男性人数居多的德意志基督徒运动相比，圣经学习小组中女性占了绝大多数。反抗者的基本信念来自一种虔诚的圣经原教旨主义这一立场挡住了少数自由派或者社会民主主义的牧师，使他们与这场运动划清界限。
帝国主教米勒想要搞垮反抗运动。他禁止其他人在布道中谈及争议，出于整肃异见分子，并将成员数量超过100万的新教青年组织并入小胡子青年团。同时为示公正，他公开宣布脱离德意志基督徒运动。然而这些都无济于事，牧师中的反抗群体抗拒他的指令，在讲道坛上公开反对“基督教呐粹化”。他们干脆抛弃了所谓帝国教会，成立了一个与之对抗的组织：认信教会（Confessing Church）。在1934年5月的巴冕会议上，认信教会公开了自己的教会准则。准则基于神学家卡尔·巴尔特（Karl Barth）的学说，反对“雅利安人条款”，表达了对《圣经》的信仰。巴尔特是个瑞士人，居住在波恩，但不久便被迫离开德意志回到祖国。他在瑞士继续写作，鼓励新教徒抵制政府干涉，回归基于《圣经》的、更纯粹的宗教。他的教诲对信徒们产生了深刻的影响。
由于这些事件，德意志大主教米勒不得不在体育宫集会之后将克劳泽解职，并放弃了一些镇压反抗的强制措施。这使德意志的基督教运动陷入无序状态，内部纷争持续了一年多。1934年11月22日，认信教会建立了一个中央机构“德意志福音教会临时管理会”，米勒的主教地位很快变得无足轻重。一个加入了认信教会的牧师声称：“掌权的人成天谈论他们的行动和他们的自我；再也没有人讨论对上帝的恐惧，这样看来第三帝国时日无多了。”一个弗兰肯牧师在星期日布道时说：“基督徒不可能是国家社会主义者，国家社会主义者也不可能是基督徒。”马丁·尼莫拉也进行了一系列布道，直白地表达了对呐粹当局的敌意。在达勒姆教区人头攒动的集会上（至少有一次人数高达1500人），尼莫拉公开点名戈培尔、罗森博格和居特纳，要他们为监禁拒绝服从的牧师负责，并念出了被关押和被禁言牧师的名字；在1937年1月30日小胡子就任总理四周年的纪念日上，尼莫拉在布道中讲了使徒保罗遭到监禁的故事，并带头为失业的非雅利安人祈祷。
盖世太保忧心忡忡地记录道，1935年11月9日啤酒馆政变纪念日当天，波茨坦地区有242个教堂没有挂出呐粹卐字标志。有一个布道者声称，政治统治者来了又去了，只有上帝永恒。盖世太保还说，这类布道集会里全是国家社会主义的各种敌人：“无法适应时代的老军官”、大地主、共济会成员，“甚至还有一些突然发现自己内心想去教堂的前德共人士”。还有一份盖世太保报告提到一首在马堡地区广泛流传的歌：
“我们曾经是供产党人、
钢盔老兵和社民党人，
现在我们是认信教会的教徒，
我们联合起来反抗呐粹党。”
认信教会正在聚集起所有的反对势力，呐粹政权似乎确实面临着威胁。
但是，认信教会从未像20世纪80年代后期民主德意志的新教教会那样成为反对力量的中心。小胡子等呐粹领导人仍然认为宗教事务太过敏感，没有强力支持米勒的政策。比如，雅格曾经试图将路德宗牧师武尔姆和迈泽尔解职，此举引发了大规模的游行示威，不少党内知名人士也参与其中，还惹恼了符腾堡和弗兰肯支持呐粹政权的农民群体。两名牧师最后官复原职。这样一来，呐粹领导人不得不放弃从内部整合福音教会，德意志基督徒运动因而失败。而且，许多认信教会的领导人坚决表示他们忠于第三帝国，称他们的行动不带有政治目的。即使是在斗争激烈的1934年，认信教会的激进思想家迪特里希·潘霍华还出人意料地批评了尼莫拉：“尼莫拉这样天真的空想家仍然相信他们才是真正的国家社会主意者。”潘霍华认为，教会里没有多少人敢真的和呐粹主义对着干。
无论如何，到了1937年，新教教会或者和德意志基督徒与认信教会分歧严重（例如在柏林、威斯特法伦和莱茵兰［Rhineland］等地），或者仍被德意志基督徒把持（例如在北德的大部分地区）。许多普通的新教徒厌倦了激烈的内斗，不愿卷入教会事务。对这些沉默的大多数来说，圣经原教旨主义和呐粹化的基督教都一样让人厌恶。
而且，引发内斗的首要原因是德意志基督徒要求把种族意义上不属于雅利安族裔的人逐出教会。认信教会的牧师并非在原则上拒绝一切反犹主义，他们的反犹主义是另一种形式。这些牧师认为，受洗的猶太人按定义就不再是猶太人了，他们并不关心没有受洗的猶太人。1935年，尼莫拉本人公开宣布，猶太人将永世受到诅咒，因为是他们使得耶稣被钉在了十字架上。不过他又用这一观点呼吁第三帝国停止迫害猶太人：既然上帝已经审判了猶太人，那么人类就不能再横加干预以泄私愤，耶稣不是告诉基督徒要爱自己的敌人吗？
尼莫拉试图以这种方式用呐粹的观点反驳呐粹。他声称，猶太人太为自己的种族身份自豪了，自诩亚伯拉罕的后裔，以致忽视了基督的福音；现在德意志人民也滋生了同样的种族自豪心理，这有可能让德意志人民和猶太人一样受到永世诅咒。回过头来想，尼莫拉的观点可能是反犹的，但在当时的背景之下有着完全不同的实际效果。为猶太孩子施洗或者依照《旧约》进行布道的牧师被德意志基督徒污蔑为“猶太牧师”，饱受侮辱和谩骂。在20世纪30年代，德意志基督徒和认信教会泾渭分明、势同水火。
作为国家机构，德意志福音教会必须执行1933年的雅利安人条款，因此裁撤了8位牧师，另外11名因为曾参加一战而得到豁免。
数十年来，福音教会致力于让猶太人改宗基督教，现在这些做法在教会内部激起的反对声音一浪高过一浪，并引起一些地方牧师的强烈仇视，这在某种程度上推动了认信教会的成立。许多新教的非神职人员也为德意志基督徒张扬的种族主义和反犹主义感到担忧。
1933年3月，妻子是猶太人的小说家、诗人和广播员约亨·克莱珀就对吶粹的反犹主义颇有微词。他在日记中写道，“民族革命”除了制造出了近似“大屠杀的恐怖氛围”之外一事无成。作为一个虔诚的新教徒，克莱珀认为反犹主义绝对不是基督教思想的一部分，相反它是对基督教圣经传统的否定。“我不是反犹主义者，”他写道，“因为信上帝的人不可能是。我也不是猶太主义者，因为信上帝的人不可能是——但是我相信上帝神秘不可知，我相信他通过猶太人得到显现。因此，教会对目前发生的一切无动于衷，这让我感到痛苦。”
但是，有组织地抵制德意志基督徒的人却优柔寡断。甚至连尼莫拉也主张在非雅利安人牧师的问题上保持“克制”。人们普遍怀着“怪谁也不能怪小胡子”的想法，一位认信教会牧师批评教会的元首原则，称上帝已经赐给了他们一位元首，应当为这些麻烦负责的不是小胡子，而是帝国主教。另外，一些乡间会众成群结队地投向了认信教会，根据波茨坦地区一份盖世太保报告记录，这是因为“农民们似乎喜欢用传统方式庆祝宗教节日，他们认为这是乡土习俗不可抛弃的一