第二天--
“你说什么？”柯南大叫。“是的，那边确实有人死了，而且，死因也是因为这个病毒，但是似乎他还没有被生化就被警卫打死。”博士说，“我也是听别人说得，消息不一定准确。”
“怎么这样。”柯南陷入了沉思，“博士，你现在立刻研究几套防化服，我有用。”“喂喂，新一，你不会是想去那里调查吧？”“嗯，没错，我要去，不能让病毒扩散了，必须在它扩散之前全部消灭。”“我知道了，我马上就去。”
“你们要去哪里？”三个小鬼头从背后冒了出来，“博士，你不是打算带柯南一个人去玩吧？不公平。”“你们几个，听好，这次不是去玩，你们不可以去，博士你快去。”“好。”博士立刻往实验室走去。“你去我也要去。”灰原说道。
“都说了……”柯南还没说完，就反应过来说话的不是他们三个。“你，好吧，记得要小心，这次不比往常。”“好，我会的。”灰原说道。
另一边，某个地方
“小妹妹们，和姐姐一起去玩好不好？”一个十来岁的女孩说道，声音甜甜的，带着一丝让人捉摸不透的感情。
“好。”5，6个小女孩齐声说。年长的女孩带着她们来到一座房子里。房子似乎很久没人住了，一扇窗户也没有，看起来阴森森的。
“姐姐，这是哪里？”小女孩们有点害怕。
“一会儿，你们就知道了。”年长的女孩背着她们，忽然把门关了起来。“现在，你们跑不了了。”小女孩们一个个倒了下去，是催眠瓦斯。
“妹妹，我现在就用她们来献祭你。”女孩看着倒在地上的小女孩。拿出一个个针筒，朝她们的脖子一下子扎了下去。
看着地上的女孩，她们一个个的变化。女孩拿出一个瓶子，里面蓝色的液体正在跳动。女孩毫不犹豫，似乎下定了决心。打开瓶子，将里面的液体，喝得一滴不剩。“啊啊啊啊，”女孩的身体发生了巨大的变化，似乎有什么东西在她体内，不停的折磨她。“好难受，难受……”女孩在地上打着滚，手按紧脑袋，眼睛紧闭，咬紧牙关。忽然，手松了开来，睁开，血红色的眼睛！
倒在地上的小女孩们一个个站了起来，朝着她跪了下来：“女王陛下，我们将永远臣服于你。”“很好，这就对了。”女王笑道，“你们现在的任务就是去村子里，把所有的小女孩都给我抓来，我有用。”“遵命。”女孩们站起身，朝村子走去。
悲哀的巅峰之战
我是高中生侦探，工藤新一，某天和青梅竹马兼同学的毛利兰去游乐园玩得时候，亲眼目击了神秘黑衣男子的可疑交易现场。
当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙，我被那名男子强灌了毒药，当我醒来的时候...
我的身体已经缩小了。如果让他们知道工藤新一还活着的话，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。
在阿笠博士的建议下，我隐藏了身份，当小兰问起我姓名时，我化名为江户川柯南。为了搜集他们的情报，于是寄住到了父亲以侦探为业的小兰的家里。
这几个是我的同学：元太，步美，光彦，他们组成了少年侦探团，还擅自把我也算了进去。
这位呢，是阿笠博士。阿笠博士为了身体缩小的我，发明了许许多多的道具。随时都可以发射足球的腰带，只要按下按钮，足球就会膨胀而出，超好用的道具。这次的关键道具，就是这把手枪，里面各种针都有哦。
话说回来，知道我真实身份的，还不止博士一个人。灰原哀，本名宫野志保，她本来和那些黑衣人是一伙的，但是……当她知道唯一的姐姐宫野明美遭到组织杀害时，便决心反抗，于是在遭到组织囚禁时，被迫吃下了和我被强灌的一样的药，身体也缩小了。
现在她改名为灰原哀，和我同班，我们一起过着小学一年级的生活。
然而，我更在意那些消失的病毒，到底去了哪里，又是谁的所为呢？