第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，第三代火影主动辞去了火影之位。凭借在第三次忍界大战中出色的表现和强大的实力，在征得火之国大名的一致同意之后，水门顺利成为了火之国木叶忍者村的第四代火影。不久后，玖辛奈已怀有身孕，夫妻二人都对自来也的处女作《坚强毅力忍传》中有着永不放弃精神的主人公“鸣人”的形象铭记在心。因此在水门提出要借用小说主人公的名字为自己即将出世的儿子命名时，玖辛奈坚定地支持水门的想法认为，“鸣人”是个很不错的名字。她与水门都对自己的儿子寄予了厚望。在九尾人柱力漩涡玖辛奈即将分娩之时，木叶高层相当重视。因为女性人柱力在怀孕期间，封印抑制尾兽的能量都去用来孕育胎儿，会导致封印减弱，之前水户分娩的时候封印就差点解开。三代提议将产房设置在村外，并由严密的结界和众多直属火影管辖的暗部高手保护。三代之妻猿飞琵琶湖与另一位暗部女忍田路担任接生婆，同时水门也会在旁边陪同保护玖辛奈并保住封印不被解开。一切准备就绪后，玖辛奈与琵琶湖开始前往村外，途中遇到好友宇智波美琴，与其聊天，得知美琴怀中所抱的婴儿正是已出生两个多月的宇智波佐助。玖辛奈希望将来鸣人能和佐助成为好朋友，但两位妈妈谁也没想到鸣人与佐助会掀起翻天覆地般的巨变以及他们之间会产生深深的羁绊。在产房中，九尾数次想要冲破封印，但都没成功。最后玖辛奈有惊无险地生下了一个健康的男婴——鸣人，水门为此高兴地流下了眼泪。而在产房外，众多暗部忍者却被前来寻衅的一个自称为“宇智波斑”的“面具男”（实为宇智波带土）悄无声息地秒杀，随后“面具男”用时空忍术穿透岩壁进入产房，瞬间杀害了两位接生婆后夺走了鸣人，并用卑鄙的手段强迫水门带着救下来的鸣人用飞雷神之术离开了玖辛奈的身边，而玖辛奈的封印尚未修复完成。随后“面具男”再度用时空间忍术将玖辛奈带到室外某地方，告诉玖辛奈此事他早就蓄谋已久，要用九尾来摧毁木叶。随后“面具男”便用写轮眼控制九尾冲破了封印。尾兽被抽出，但玖辛奈并未立即死亡，因为她拥有漩涡一族的强悍体质，这令“面具男”都感到惊讶。接着“面具男”操纵九尾攻击玖辛奈，玖辛奈幸运地被水门救下。之后水门将极度虚弱的玖辛奈带回家安顿好，玖辛奈抱着睡着的鸣人哭泣，水门换好衣服便急赴木叶村。而“面具男”先到一步，将九尾用通灵术通灵过来，引发灾难。三代组织人马奋起抵抗，赶赴到现场的水门用时空间结界术转移走了九尾的尾兽玉。紧接著水门与“面具男”交战，并凭借出色的谋略分析出他的弱点进而击退了他。之后再度回到木叶，看到木叶的惨状，联想到“面具男”的野心，心中默念：“对不起了，玖辛奈。”随后将正在准备发射第二发尾兽玉的九尾连同自己一起瞬移到自己家附近，同时带出玖辛奈和鸣人，准备将九尾再度封印。玖辛奈用查克拉锁链勉强将九尾捆住并制造出结界，但却因身体已经达到了极限而吐血。鸣人被吵醒后哇哇大哭，她用无比温柔的眼神望着鸣人说，对不起，不是故意把他吵醒的。玖辛奈的觉悟，是想用仅存的查克拉跟九尾同归于尽，以保护水门和鸣人。当她强忍痛楚，微笑著说谢谢水门为她所付出的一切时，水门心中无比愧疚，怪责自己受到玖辛奈那麼多的帮助，但他到最后却没能够很好地保护母子俩。而玖辛奈并不埋怨，更没有悲伤，而是表示很开心很幸福，水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。”鸣人热泪盈眶，他并没有被父母抛弃，他的父母很爱他，他现在很想大哭一场。但因为林辰刚才的话 ，他不能哭，他不想让舅舅不高兴，只能强忍着。“想哭就哭出来吧，我这次就当不知道。”林辰刚说完，鸣人就哇的一声大哭了起来，似乎要把这些年的委屈全部发泄出去。同时不停的捶打林辰“当时你在哪里？为什么不救救他们，为什么！”林辰艰难的开口说道:“抱歉，我没有赶回来，当时我还在外面做任务，对不起真的对不起。”鸣人哭的更大声了，“为什么，为什么是我！”“因为你是他们的孩子！也是我的侄子！你必须变强，强到足以帮助我！”林辰将小鸣人放了下来，“好了，你现在还太小不是说这些的时候。我们去找别的小朋友玩吧！”鸣人的情绪低落了下来“我不去。”林辰看着鸣人的反应笑了笑“不用怕，有我在没人敢欺负你的。罢了，你不想去就算了，出去吃午饭吧！吃什么呢？烤肉怎么样？”“烤肉是什么味的？比烤鱼还好吃吗？”鸣人毕竟还是个小孩，听见吃好吃的，一下子就精神了。听到这样的话，林辰又愣住了“鸣人，猿飞日斩没带你去吃过吗？”“没有，从来没吃过。”林辰摸了摸鸣人的头，“好，今天中午我们一起吃烤肉。”“好耶！舅舅最好了。”“去换鞋，不是给你买了吗？快去换好，准备出门。”鸣人默默换鞋去了。林辰趁机在水门的房子里，刻上了飞雷神印记。同时也发现了水门的飞雷神印记，林辰本来打算抹掉的。但抹掉就暴露了，最后还是没抹掉。