一、
他曾是某个杀手组织里最顶尖的杀手，没有名字，只有代号。那年，他决定叛逃。那一夜，组织集结了所有高手与异能者，围捕一只浴火重生后正处于虚弱期的神鸟。他本可独自逃走，却在混乱中把子弹射向那些高攻低防的异能者，为神鸟争取突围的缝隙。乱枪之下，他倒在血泊中，像一截烧尽的炭。神鸟为报恩，允他一个愿望。他渴望自由——不是下一世的自由，而是从命运被改写之前重新活过。于是，他重生了，回到十岁那年，一切尚未发生。
重生后，他提前醒来，在命运的岔路口干净俐落地结束了那两个本该带他走向杀手之路的引路人。从此，那条黑暗的线断了。他回到故乡，在医院里与自幼一起长大的女孩重逢。那女孩家中开武馆，性情温柔，外柔内刚，对钢琴有极高的天赋。没过多久，本地帮派老大的女儿也找上门来，嚷着要拜师学武。三个孩子就这样凑到了一起，形影不离。
他在他们面前，只是个比同龄人沉稳些的小男孩，偶尔说出几句不像孩子的话，却总能用天真的笑容搪塞过去。学校里有位从海外留学归来的女老师，比他大六七岁，总是板着脸，被学生背地里叫作「魔鬼教师」。其实那副严厉的模样是装出来的，只为了让学生怕她。他第一次见到她，是在某座别墅的庭院里。那时谁也不知道，未来他们之间会牵扯出怎样的羁绊。
二、
小学毕业，三人升入同一所高中，在学校附近租了房子，开始了同居生活。白天是普通学生，夜里他会以另一副面孔行动。他在暗处接任务、查消息，像一缕幽魂穿梭在城市阴影中。那时的校园并不平静，一场「裸照事件」闹得满城风雨，他不得不用非常手段平息。他开始接触境外势力，与某个黑手党家族产生交集，也与那家族中的母女二人有了往来。杀手组织的特级杀手找上门来，他被迫迎战，用鲜血守住了身边的平静。
那位女老师发现了他们三人之间的真正关系——他并非表面那般简单——她开始疏远，因为她发现自己喜欢他。这种感情让一个成年人觉得羞耻。可她终究没能逃开。
来自异国的少女登场了。她是某个古老家族的大小姐，被伯父绑架时恰好被他所救。从此她转入他的高中，跟在他身边学习杀手技巧。她话极少，面无表情，像精致的人偶，却把全部信任和感情都给了他。他教她如何在暗处生存，也教她如何像普通人一样生活。
平静的日子没有持续太久。帮派老大的女儿——那个从小一起长大、个性火爆的女孩——她的父亲被杀。她一夜之间性情大变，决定接手掌管帮派，誓言要让毒品从这座城市彻底消失。可她太年轻，太冲动，很快被人利用关系扳倒。他不得不将她送去欧洲的一处秘密训练营，让她变强。
另一个女孩——弹钢琴的那个——被他送到了欧洲的音乐之都深造。他知道接下来的路会很危险，不希望她卷入。
三、
然后是那艘豪华邮轮上的事件。他暗中掌控全域，救下了黑手党母女，救下并教导了异国少女。他以一个女特工的化名现身，与杀手组织周旋，杀死了组织中的高层，两次逼退强敌，正面交战杀死了一个极难缠的对手。那场战斗后，他彻底成了组织的死敌。
他又远赴大洋彼岸，去救那位女老师。她被卷入他的世界，身陷险境。他在一座逃亡小镇里，与她跨过了最后的界线。从那一刻起，他真正下定决心，要与那个杀手组织不死不休。
命运给他的时间却不多了。他脑部长了古怪肿瘤，头痛日益剧烈，有时会短暂失去意识。他知道自己可能命不久矣，便不再伪装，以本尊身份冲向东边的岛国首都，连杀数名组织高层。回国后，他为那个黑道千金追杀仇敌，那人双手残废、精神错乱。他因此被捕入狱。
入狱前，女老师要他留下一个孩子。他去了她的别墅，住了几个月，留下一个女儿。然后他「消失」了——对所有人而言，他像是人间蒸发。弹钢琴的女孩被他用「分手」的名义劝走，愤然出国，把自己封闭在欧洲，错过了后来的一切。黑道千金在欧洲受训。他一个人完成复仇，然后消失在监狱高墙之后。
四、
四年过去。弹钢琴的女孩学成归来，在一场演唱会上，用歌声唤醒了他尘封的记忆。同年，黑道千金也回到故乡。他出狱归来，记忆全部恢复，并且拥有了异能。他重创了潜伏在暗处的吸血鬼势力，与生命中最重要的几个人重逢。
最终，他彻底解决了杀手组织的残余。自然进化者出现，杀死了最后的敌人。吞下异能后的他，已近乎无敌。
故事的最后，他开了一家小诊所。他与弹钢琴的女孩结了婚——那或许就是他前世今生一直追求的普通人的生活。
全书的最后一幕，收拾童年回忆。窗口那串小小的风铃轻盈地响了一下，一抹霞光斜斜地从阁楼小窗射进来，将这小小的、安静的天地笼在温暖的光芒里。那是属于记忆的颜色，永不褪变。