在外滩钟楼巨大的阴影笼罩之下，X-49 像鬼魅一般挟持着那个女人飞速地穿梭于黑暗之中。他那双淡金色的瞳孔犹如夜空中闪烁的寒星，在无尽的黑暗中散发出令人心悸的光芒，而这种超乎常人的夜视能力正是基因改造所赐予他的独特天赋。
“你以为这样就能逃脱吗？”女人冰冷的笑声在寂静的黑夜中回荡开来，“老头早已在这座钟楼上布下了天罗地网，就等你自投罗网呢！”
就在这时，X-49 突然感觉到自己手腕处那块樱花形状的胎记开始发烫起来，仿佛有一股炽热的力量正从里面喷涌而出。他心里清楚，这是基因产生共鸣的征兆。紧接着，他抬头望向钟楼的窗户，只见一道道淡金色的光芒在其中若隐若现，那显然是其他克隆体的特有标志。
突然间，一阵震耳欲聋的钟声骤然响起，如同雷鸣般响彻整个外滩。X-49 的脑海中瞬间像是被一把锋利的斧头劈开，意识刹那间被撕扯成无数的碎片。恍惚之间，他竟看到了一幅奇异的画面：时间倒流回到了 1943 年的一个秘密实验室里，阿么正站在一台巨大的仪器前，紧张地输入着一组密码。然而，就在密码即将输完的时候，原本显示数字的密码盘却突然发生了变化，上面的数字竟然一个个都转变成了复杂的基因序列。
“你终于来了......”阿么那仿佛来自于远古时代、穿越无尽时空的声音，如同幽灵一般在 X-49 那混沌的意识深渊之中悠悠地回荡着。每一个字都像是重锤一样狠狠地砸在了 X-49 的心头，让她的思绪不由自主地被拉回到了那个隐藏在黑暗中的秘密角落。
“这才是真正的‘樱花计划’啊——利用你的基因来重塑整个人类文明！”阿么的话语如同一道惊雷，瞬间将 X-49 的脑海炸得一片空白。她瞪大了眼睛，难以置信地望着眼前那模糊不清的景象，试图去理解这个惊人的真相。
在 X-49 的瞳孔之中，一幅恐怖而又震撼人心的画面渐渐浮现出来。只见无数个巨大的培养舱整整齐齐地排列在一起，一眼望去根本看不到尽头。每个舱体里面都静静地漂浮着一具与她一模一样的克隆体，她们紧闭着双眼，就像是沉睡在死亡之海的美人鱼。这些克隆体都是在 X 系列之前的实验产物，它们有着一个令人毛骨悚然的代号——“樱花雨”。
就在这时，一阵刺耳的狂笑声突兀地从滚滚的数据洪流之中传了过来。那是老头得意洋洋的笑声，充满了疯狂和扭曲的快感。“哈哈哈哈哈，你以为我真的是在拯救人类吗？不，我只是在收集抗体而已！”随着他的话音落下，X-49 艰难地转过头，看向了旁边那正在闪烁着冰冷光芒的消毒装置显示屏。只见上面快速地闪过一串密密麻麻的数据，其中最为醒目的便是那已经高达 98%的抗体收集完成率。
突然间，X-49 的身体毫无征兆地剧烈抽搐起来。一种难以言喻的剧痛瞬间席卷了她的全身，仿佛有成千上万只蚂蚁正在啃噬着她的血肉。紧接着，一股冰蓝色的黏液开始不受控制地从她的七窍缓缓流淌而出。这诡异的黏液散发着刺鼻的气味，让人闻之作呕。X-49 清楚地知道，这是体内抗体被强行抽离所带来的可怕征兆，同时也意味着她的生命即将走到终点......
“阻止他……” X-49 拼尽全身最后一丝力量，艰难地从口中挤出这句话，声音虚弱得仿佛随时都会断掉一般，“密码是……你的生日……记住！一定要阻止他！”
听到这话，X-32 的脑海里瞬间如同决堤的洪水一般，记忆汹涌而至。一幅幅画面在眼前飞速闪过，他看到了曾经那个无助的自己，被强行植入声波接收器时所遭受的痛苦与折磨；看到了那个面容冷峻的老头，站在巨大的培养舱前一丝不苟地记录着各种复杂的数据；还看到了温柔慈祥的阿么，颤抖着手输入那串决定命运的最终密码……
就在这时，原本散发着柔和蓝光的消毒装置突然间毫无征兆地闪烁起来，眨眼间便转变成了令人胆寒的刺目红光。这突如其来的变化让 X-32 心头一紧，因为他清楚地知道，这是终极程序已经正式启动的危险信号！而随着程序的运行，留给自己的时间已然所剩无几，如果不能赶在意识彻底消散之前迅速做出抉择并采取行动，那么一切都将无可挽回。