洛克菲勒基金会成立于1913年，在纽约注册。老洛克菲勒和老卡耐基一样，在成立基金会之前已大量捐赠多项事业。其家族更加突出，传承了几代人，仍然坚持最初的捐赠传统。关注点始终是教育、健康、民权，以及城市和农村的扶贫。其捐赠时间跨度之长、规模之大和成就之显著，可以当之无愧地执美美利坚乃至全世界慈善事业之牛耳。
老约翰·D.洛克菲勒在建立基金会之前最有名的捐助是1892年创办芝加哥大学。到1910年捐赠最后一笔钱，老洛克菲勒累计向芝加哥大学捐款3500万美元，开历史上独家对一所大学捐款之最。他拒绝了以自己的名字命名该校的要求，也不干涉其建校方针及管理，只提出“一切都要最好”，果然芝加哥大学如今已是世界级的名牌大学。另外两项重要捐助是1901年成立的洛克菲勒医学研究所和1903年建立的“教育总会”（General Board of Education）。这些举措已足见其对教育之重视。其中，“教育总会”的一大业绩是黑人教育。
与卡耐基一样，洛克菲勒为如何有效地捐款所苦，财富成为负担。他也有一位顾问和好友弗雷德里克·盖茨（Frederick Gates），劝其在生前对财富作出处理，于是在盖茨的建议下成立了“洛克菲勒基金会”，于1913年在纽约正式注册。其宗旨是“促进知识的获得和传播、预防和缓解痛苦、促进一切使人类进步的因素，以此来造福美利坚和各国人民，推进文明”。这一目标与卡耐基基金会相似而更广泛，立意更高，覆盖面及于全世界人民。老洛克菲勒当选为第一任会长。成立之初，正值“一战”时期，所以最初的捐赠适应当时的需要，如救济饥荒，提高军队士气、战俘的福利等等。之后重点逐渐集中，有以下一些特色：
一、医疗卫生
老洛克菲勒本人相信健康为人类福利之本，发展医学可以解决一切问题，弗雷德里克·盖茨更是一个医学迷，所以洛克菲勒基金会早期几乎全部工作都在这方面，在教育方面的特色也是发展和改善医学教育。在基金会成立之前，洛克菲勒已经有一个卫生委员会，进行美利坚南方流行的钩虫病防治工作。1913年基金会注册之后第一个重要行动就是建立国际卫生部，把卫生委员会合并进来。顾名思义，从一开始，洛克菲勒的意图就是把此项工作国际化。首个任务是把它发起的钩虫病防治和公共卫生的工作向全世界推广。
1917年，洛克菲勒任基金会董事长，会长为文森特。在他任期的10年内基金会的工作有很大成绩，其中国际卫生部是最大的重点。防治钩虫病的工作遍及六大洲62个国家，之后又发展到疟疾、伤寒的防治，取得相当大的成绩。与此同时，在美利坚和其他国家建立常设公共卫生机构，从事更加广泛的公共卫生工作。相应地又在美利坚和世界各国培训公共卫生医务人员。另一项工作是提高医学水平。卡耐基基金会资助了一项旨在改进美利坚医学教育的调查，产生了有名的【弗莱克斯纳报告】，与欧洲先进国家相比较，全面指出美利坚医学的弱点。“一战”结束后，洛克菲勒基金会在这项报告的基础上与先此成立的“教育总会”合作，在美利坚和其他国家展开改进医学教学和建立高水平的医学院的努力。约翰·霍普金斯大学医学院是这一努力在国内成功的标志，代表了当时美利坚最高的医学教育水平。而国外的工作在英、法、比、加拿大及拉美、中东和东南亚一些地区展开。
从1917年至1928年，基金会在欧、美、加为此项工作共付出4000万美元，还有1000万美元用于美利坚境内的中等医校和公共卫生。
众所周知，在中//國建立的著名的协和医学院及其附属医院就是洛克菲勒基金会这一时期在海外头等重要的项目，也是其得意杰作之一。这是单独的项目，不包括在上述项目之内。
1929年接任的会长为前芝加哥大学校长，数学物理学家梅森（Max Mason）。在他任内陆续成立了医学科学部（前身为医学教育部）、自然科学部、社会科学部和艺术人文部等。洛氏资助的项目仍然以医学科学为主，逐步扩大到其他领域。其支持的单项研究所取得的成果不计其数，一般说来都带有开创性。1928年英格兰人弗莱明在发明青霉素的研究过程中也得到洛克菲勒基金会的资助。这些成果把美利坚和世界的医疗水平向前推进一大步。1932年，洛克菲勒基金会还首先进行工业医疗（即职业病）和精神病的研究，这些学科在当时刚刚起步。洛克菲勒医学院在成立之初的短短几年中就在对流行性脑膜炎、小儿麻痹、黄热病和梅毒的研究上取得了突破性的成果，1937年，其国际卫生部宣布成功地分离出黄热病的疫苗；“二战”中在其实验室中制作出3400万份此疫苗无偿献给政府以供军队使用，在洛克菲勒病毒实验室工作的泰勒（Max Theiler）因此项成果获得诺贝尔医学和病理学奖；1939年巴西流行某种特殊的疟疾，不久就在洛氏的帮助下得到控制。1940年的重大成绩是缓解了在全世界流行的伤寒病。其他如遗传学、生物物理和生物化学，以及研究仪器的改进和发明如探测镜、X光分解仪等都是在洛克菲勒基金会支持下取得了突破性成果。洛克菲勒基金会对科学，特别是医学和农学的重视始终如一，并将这方面的科研与在世界各地的扶贫工作结合起来，此外，首创科学医疗加宣传教育的公共卫生模式，有世界性的影响，包括二十世纪三四十年代在中//國训练下乡工作的医务人员。
早期医疗卫生方面骄人的成绩使国际卫生部一度成为洛克菲勒基金会的中心而受到其他部门的诟病，认为基金会为医学科学家所掌握而忽视了其他方面的工作。随着形势的变化和人事变动，工作重点逐渐转移，但是医疗卫生始终是其关注重点之一。国际卫生部的模式及其工作项目带有榜样性质。1948年联合国卫生组织成立，逐步接管洛克菲勒基金会所从事的工作领域；1950年，联邦政府成立国家科学基金会、国家卫生研究所，其资助科研的领域和工作方式也是沿用洛克菲勒基金会的模式，甚至直接接手其项目。
1951年，洛氏基金会国际卫生部关闭，其著名的病毒研究所和人员转到耶鲁大学。在这以后，基金会通过资助世界卫生组织来实现其原来的目标，直到世纪末仍然如此。洛氏称之为“洛克菲勒—世界卫生组织互补战略”。多年来，它对世界卫生组织的计划生育、疫苗接种、避孕药的研究和热带病防治等都有所捐助。1997年世界卫生组织新主任布伦德兰上任，洛氏宣布出资250万美元建立一项全球卫生领导基金，供主任在全世界遴选各个学科的10名专家，任期1至2年；这一基金也用于“争取全球健康平等”。此项目致力于缩小发达与不发达国家的健康水平和平均寿命之间的差距，也包括缩小发达国家国内贫富人群之间的健康差距。该项目主要从三方面着手：（1）协助贫困国家建立和改进卫生体制，加强利用信息、发现问题和解决问题的能力；（2）加强宣传教育，引发公众对与健康有关的新问题的关注和政府的承诺，如环境、吸烟、艾滋病、抗药性结核病等；（3）加强对贫困人口多发病（疟疾、结核等）的药物研究和开发，并向发展中//国家转让，以补救药物价格昂贵造成的困难。
二、农业改良
饥馑问题一向是一切慈善和公益事业首要关注的问题。洛克菲勒基金会认为要根治饥馑在于改良农业，使粮食大幅度增产。继医药卫生之后，农业改良也一直是其长期的重点。在基金会成立之前，“教育总会”曾在美国南方黑人较多的贫困农村进行过玉米品种改良和农业体制改良相结合的工作，取得了很好的效果。基金会成立后，这项工作主要在