朱厚熜在位早期，一直把明太祖朱元璋、明成祖朱棣二人当作榜样，希望自己也能够成为一位后世称颂的明君。于是他英明苛察，严以驭官，宽以治民，整顿朝纲，对外抗击倭寇，重振国政，顺利开创了“嘉靖中兴”的局面。到了后期，朱厚熜没有即位前期那股劲儿了，虽然他整天痴迷于道教，整年不侍朝，然而依然能够牢牢掌控住朝廷官吏，也算得上是位有作为的皇帝。他在位期间，不仅巩固了明代的统治，也为“隆庆新政”与张居正改革奠定了基础。
嘉靖四十五年(1566年)，朱厚熜因病去世，享年60岁。他的第三个儿子朱载垕顺利登基，成为明朝的第十二位皇帝，是为明穆宗，次年改元隆庆。少年时的朱载垕，因其母亲杜康妃失宠，他又不是长子，所以很少得到父亲的宠爱。他倚靠高拱、陈以勤、张居正等大臣的尽力辅佐，实行了革弊施新的政策，海内外得到大治，才有了明史上的“隆庆新政”。
朱载垕统治期间，几乎没有发生什么重大的变故，他才得以稳坐皇位六年。当然，这与他的性情是息息相关的。当他还是个小皇子时，母亲就经常教导他凡事要小心谨慎，不要张狂。因此，从小他就养成了贞静、仁义的性情。隆庆一朝虽然时间短暂，但当时朝中人才济济，文有徐阶、张居正、高拱、杨博等人，武有谭纶、戚继光、李成梁等人。在他们的精心辅佐和努力下，朱载垕实行了一系列得到臣民赞誉的英明举措，一改其父亲朱厚熜一朝留下的弊端，使朝廷为之一振。
朱载垕一上台，就立即下令停止朱厚熜时期的守斋祈祷等迷信活动，并将当时所有的方士交由司法部门审理定罪。不仅如此，他还撤消了朱厚熜生前一直进行着的一切迷信殿堂阁亭的营建。很快，朝政呈现出了崭新的局面。与此同时，朱载垕还为前朝四十多年以来先皇手下的冤狱进行了平反。其中，从狱中释放出来的受冤者人员中，最著名的首推清官海瑞，这项措施赢得了广大臣民的极力赞誉。
过了没多久，朱载垕又下令免除了天下一年的赋税，以及嘉靖四十三年（1564年）以前地方上拖欠的田赋。说是拖欠，其实是当时的官员在后面捣的鬼。他还制定了“安民生、足国用”的财税政策，对一些受灾地区的赋税进行适当的救济，只为了减少百姓受灾后的痛苦。朱载垕还是一个厉行节俭的主儿，从不挥霍浪费。据当时的人们说，朱载垕每年在吃的上就可以节省下十几万两银子来。朱载垕在清理前朝弊政的同时，还制定了一系列的官吏考核制度。那些以前不在考察之列的王府官员们，后期也要被加入进去进行定时审核。朱载垕即位以来一直没能闲着，除了严惩那些贪官污吏，还提拔那些廉洁奉公的官员，使隆庆初年朝廷的吏治为之一新，大有中兴气象。
隆庆元年(1567年)，福建巡抚涂泽民曾大胆上书说：“请打开对外贸易，变私下贩卖为公开贩卖。”不久后，朱载垕便下令开放福建漳州府月港(今福建海澄)，并以月港为治所设立海澄县，设立督饷馆，负责管理私人海外贸易并征税。督饷馆对私人海外贸易管理的内容主要包括：出海贸易的船只，不得携带一些违禁物品；船主要向督饷馆领取船引并交纳引税。此外，对日本的贸易仍在禁止之内，所有出海船只均不得前往日本。如果私自前往，则处以“通倭”之罪。如此以来，不仅减少了十几年来的倭寇之患，还使得明朝的对外贸易得到了很大的发展。
同年，朱载垕还宣布解除海禁，调整海外贸易的相关政策，允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”。也正是在这时，民间私人的海外贸易获得了合法的地位，东南沿海各地的民间海外贸易进入了一个新时期，明朝也因此出现了一个全面开放的局面。虽然仍存在诸多管理和限制，开放的月港也只是一处小港口。但是，民间私人海外贸易至此已经得到了朝廷的认可。只要遵守政府的管理限制，民间私人海外贸易就会被视为合法经营。因此，“隆庆开关”不仅使民间私人海外贸易摆脱了走私非法境地，而且可以有条件地公开进行较为正常的发展。
隆庆四年(1570年)，朱载垕开始关心北部边境防务，并十分注意加强军队的训练，以巩固边防。蒙古部落首领俺答汗的孙子名叫把汉那吉，当时因为家庭纠纷，一气之下投奔了明朝。后来，俺答汗率领蒙古兵到明朝边界要他们的人，时任宣府大同总督的王崇古坚守不出，因此双方也没有爆发大规模的战斗。随后，在内阁大学士高拱和张居正的策划与安排下，明朝派出一名使者与俺答汗进行谈判。最后终于达成协议，用把汉那吉交换曾经背叛明朝，投奔蒙古部十余年的汉奸赵全，事件才得以和平解决。
除此之外，朱载垕还有一个天大的优点，那就是“用人不疑，疑人不用”。但凡是他信任的大臣，他就会无所顾虑，放手让他们去发挥自己的才能。可以说，朱载垕在使明王朝向最后一个繁荣时期发展的过程中，起了重要的过渡作用。明朝与蒙古两百年来的互相征战，终于在朱载垕的治理下告一段落。从此以后，草原上的硝烟少了很多，两个民族之间几乎再也没有大规模的征伐事件发生了。
隆庆六年（1572年）五月，宫中突然传出了皇帝病危的消息，被女色掏空了身子的隆庆皇帝，从此再没有站起来。36岁的朱载垕就这样匆匆走完了六年的帝王生涯，把大明江山留给了年仅10岁的朱翊钧，他是明穆宗朱载垕的第三个儿子。明神宗朱翊钧即位后，成为明朝的第十三位皇帝，次年改元“万历”。明神宗在位时间长达48年，是明朝在位时间最长的一位皇帝。