在朱载垕还是王爷的时候，他就十分关注国家的边疆。刚一上台，朱载垕就立即任用当时有名的将领戍边，并启用抗倭名将戚继光为都督同知，主要负责京城门户防卫与东北边防，戚继光的“车马阵”也就是在这时候发明的。朱载垕还任用曹帮辅为兵部侍郎，与大将军王陵都督宣府、大同总管西北边防。并把剿匪的重大责任交予总督王崇古、谭纶二人，就此天下大定。
“庚戌之变”发生之后，蒙古各部依然在不断地找机会进犯明朝。多年来，蒙汉之间陆陆续续发生的战争确实不少，使得这两个民族都不能够安心生产、安心生活。蒙族首领俺答汗在扩张势力的同时，也曾试图想要恢复与明朝的经济关系，蒙古族人民也积极要求与汉族发展贸易，但明廷始终也不肯给个准信儿。
“俺答封贡”发生在隆庆四年(1570年)，这是在明朝发生的极少的事件，因为这次事件没有采用任何军事手段，就缓解了与外族的敌对关系。正是在明朝中央内阁大臣高拱、张居正的精心策划下，再加上地方宣大总督王崇古及大同巡抚方逢时的操作下，借着把汉那吉投奔明朝的机会，顺利达成了封贡及互市，结束了近二百年的敌对状态。与此同时，明朝又借此铲除了赵全等汉奸，大大削弱了鞑靼内部的组织力，形成了往后上百年明朝北边绝少爆发大规模战争的格局。
事情是这样的，自把汉那吉的父亲铁背台死后，他就被俺答汗的妻子克哈团悉心照顾。等到把汉那吉成家的年龄，又给他娶了妻子比吉。没过多久，把汉那吉又嚷嚷着要娶亲，原来他又爱上了一个叫三娘子的漂亮女孩，而这位女孩正是他姑母的女儿。更让人无语的是，当时的俺答汗也爱上了他的外孙女三娘子，三娘子也倾心于俺答汗，于是三娘子很快就投入了外祖父的怀抱。这对于把汉那吉而言，真的是心痛至极。
因为俺答汗夺爱，把汉那吉对他极其不满，于是召集阿力哥等十余人，赶到大同万里长城边界，要求大同巡抚接见他们。在宣大总督王崇古的说服下，把汉那吉到明朝受降，并给予他优厚的待遇。后来，俺答汗追到大同，得知把汉那吉未死，非常高兴，开始着手谈判营救计划。
当时的蒙古部战力虽强，但是文化不高，因此在明初一直未成大气候。但在居于板升的汉奸赵全的帮助下，蒙古部有了很强的组织力。他们正如张居正所说：“本朝有两患：‘东患在属夷，西患在板升。二患不除，我终无安枕之日，然西事稍易，宜先图也。’”蒙古部在张居正眼中还不如赵全等人。因此，明朝的态度是要求俺答汗“自当卑词效款，或斩吾叛逆赵全等之首，盟誓于天”。俺答汗封贡归顺，其实是没有什么把握，毕竟在与明朝的对抗中，俺答汗少有败仗。
俺答汗只因为疼爱孙子把汉那吉，才会直奔大同要人，对于把汉那吉投降明朝，俺答汗总是有一种“日夜恐中国戕其孙”的感觉。而明朝对于“讨汉奸”的要求，在孙子安危面前也变得细小。在俺答汗看来，他们之所以多次入侵明朝北边，其实也只为抢夺，绝无他意。如今可以封贡称臣，虽然会损失赵全等一班军师，大大损伤了战力，但是有互市在后头，还可有大明这个大靠山，对俺答汗来说还是有一定好处的。互市之作用，在于安定外族之民。想到这里，俺答汗实在找不到拒绝的理由了，于是答应了大明的提议。
“俺答封贡”于次年隆庆四年（1570年）成事，基本上以和平手段达成，以双方各取所需告终。明朝封俺答为顺义王，开放十一处边境贸易口岸，使蒙古人能通过贸易获得中国资源。而对中国的好处，是明朝北边的确上百年不用兵革。虽北边亦有说“俺答既入贡，边防大驰，军饷皆入帅囊。啖寇之外，间以遗京。近边之卒，馁瘠无复有生理。而板升生齿日繁，强硬无赖，议者忧之”。但在大明的历史上，至少已经达到止战之效，因此“俺答封贡”实为一种成功之举。
“俺答封贡”基本上结束了明朝与北方蒙古诸部近两个世纪的武装冲突局面。从此，“东起延、永，西抵嘉峪七镇，数千里军民乐业，不用兵革，岁省费什七”，对万历初年国力的舒缓起了极其重要的作用。同时，蒙汉双方也展开了正常的互市贸易，北方边境安宁，边境的蒙汉人民也从此过上了安定祥和的生活。