齐王开运元年（甲辰，944）
有人对后晋出帝说："陛下想要抵御契丹，安定天下，必须要用桑维翰。"初六，重新设置枢密院，起用桑维翰为中书令兼枢密使，事无巨细，都全权交给他处理。只用了几个月的时间，朝廷的事大致得到了治理。
滑州境内的黄河决口，令汴、曹、单、濮、郓五州遭遇水患，决堤的河水环绕梁山合流汇入汶水。后晋朝廷诏命大举发动几个道的民夫去堵塞。决口被堵上后，后晋出帝要刻碑记载此事。中书令舍人杨昭俭进谏说："陛下刻石记功，不如颁布表示哀痛的诏书；用文字歌颂善行，不如降下责备自己的文告。"后晋出帝认为他说得好而停止了刻碑一事。
桑维翰两次执掌朝政，将杨光远、景延广调到外藩，到这时统一指挥权，节度使十五人没有人敢违抗，时人都叹服他的胆识谋略。
朔方节度使冯晖上奏章陈说自己还没老，还能够为朝廷效命，而后晋出帝下制令时却把他给忘记了。桑维翰用诏旨让在宫中值班的学士拟写答诏说："不是制令忽略了你，实在因为朔方是国家重地，除了你之外没有别人能够控制得住。近来虽然有考虑将你移调到内地，但也需要找到能够代替你的奇才。"冯晖得到诏书，非常高兴。
当时，军务、国政上的事情都非常多，百官以及各地使者前来请示的人来往不绝，桑维翰随事裁决，起初好像是没有经过思考，人们怀疑他有所粗疏马虎；但退下来后深思熟虑一番，发现并挑不出裁决中的毛病。然而他当宰相时颇以个人的喜好办事，小恩惠，他会报答，而小仇怨，他也不会放过，人们因此对他也有不满。
契丹入侵时，后晋出帝再次命令刘知远到崤山以东会师，而期限过了他还没有到。后晋出帝心生猜疑，对亲信说："太原一点都不想帮朕，必然有阴险的图谋。如果他真有当天子的福分，为什么不快些动手！"到此时朝廷虽然任用刘知远为诸军都统，实际上没有给予他施行指挥的权力，密谋军国大事，也不让他参加。刘知远也知道后晋出帝疏远自己，只是谨慎处事自我保护而已。郭威看到刘知远有忧虑之色，对他说："河东地方山川险要坚固，风俗崇尚勇武，此地盛产战马，平静的时候努力发展农业生产，动乱的时候勇于操练军队，这是称王称霸的凭仗，有什么值得忧虑的！"
齐王开运二年（乙巳，945）
契丹连年侵犯，中原国家疲于奔命，边塞百姓流亡惨死；契丹一方也死了很多人和牲畜，其国家百姓对这种状况也感到苦恼厌恶。述律太后对契丹主说："我说让汉人来当胡人的君主，你认为行不行?"回答说："不行！"太后说："那么你为什么想做汉人的君主?"回答说："姓石的忘恩负义，无法容忍。"太后说："你现在虽然取得了汉地，却不能居住；万一出了差错，哪能来得及后悔！"又对她的下属众人说："汉儿哪曾睡过一天好觉！自古只听说汉主动来和蕃，没有听说过蕃主动和汉的。汉儿如果能回转心意，我们又何必吝惜与他谈和啊！"
桑维翰屡次劝后晋出帝重新与契丹讲和以缓解国家的灾难，后晋出帝授予开封军将张晖供奉官一职，让他奉表前去契丹称臣，用谦卑的语言道歉。契丹主说："让景延广、桑维翰亲自来，仍然割让镇州、定州两道归属于我国，就可以和。"后晋朝廷认为契丹讲话多有怒气，便说他没有想要讲和的意思，便停止了称臣。后来契丹主耶律德光入主大梁时对李崧等说："如果当时晋国使者再来我国，那南北就可以停战了。"