明朝到万历后期，已经没有了当初万历中兴的盛世，国力日益衰败。当后金统治者在关外虎视眈眈地注视着中原时，朝廷后宫内却围绕着皇帝这个宝座，制造了一起又一起的疑案，这就是震惊朝野的“三大疑案”。这三个案子分别发生在三个皇帝在位期间，即明神宗朱翊钧朝的“梃击案”，明光宗朱常洛朝的“红丸案”和明熹宗朱由校朝的“移宫案”。
梃击案
万历四十三年（1615年）五月初四日，也就是端午节的前一夜，一个叫张差的男子手里拿着一根枣木棒，疯疯癫癫地闯入大内东华门，然后来到太子朱常洛居住的慈庆宫门前，到第一道宫门，他看见门口有两名老太监守着，二话不说，立即举棒打伤了其中一人，然后直闯入宫。很快又闯过第二道宫门，直到殿檐下，拿起手中的木棒试图闯进屋加害太子朱常洛。这时候，太监韩本用听见外面有动静，于是大声呼喊。很快七八名太监一拥而上，才将张差拿下，当晚就交给东华门守卫监收。
第二天，身边的太监把此事告诉了朱常洛，他很是生气，立即将张差送交皇城保卫部门审问。巡视皇城御史刘廷元审问后，向明神宗朱翊钧报告说：“这个叫张差的男子，家住蓟州井儿峪，从举止行为看，好像患有癫疯病，但是又颇为狡猾，还得严加讯问一番。”朱翊钧立即下诏将张差送交刑部复审。刑部郎中胡士相再次提审后，认为张差确实是有病，并判他立斩刑。这时候，提牢主事王之寀在旁边看出了破绽，便私下里审问张差，张差才说出是宫里的太监庞保、刘成将他引到慈庆宫门前的，这两人对他说：“打死太子，有吃有穿。”庞保、刘成二人都是郑贵妃手下的太监，再往下查，势必牵连到郑贵妃。王之寀便将张差这个口供汇报给了刑部侍郎张问达。
此案的发生，震惊了宫内和朝野，舆论哗然。支持郑贵妃、倾向福王为太子的臣僚认为是张差疯癫所为，属个人行为；支持皇太子的大臣认为是陷害太子的阴谋。后来，经刑部十三司会审，查明张差是白莲教的一支红封教的成员，其首领是马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，意图梃击朱常洛。
看起来，此案与郑贵妃有牵涉是肯定的了。很多朝臣都怀疑是郑贵妃和他的哥哥郑国泰阴谋策划借张差之手伤害太子。在如此复杂的情形下，朱翊钧决定采用调解的方式，来化解皇太子与郑贵妃的矛盾。一方面怒责郑贵妃，另一方面又迫使皇太子改变态度，可是效果好像不是很明显。无奈之下，他只得另想办法来平息此事。于是，他立即召见大学士方从哲、吴道南及文武诸臣，拉着朱常洛的手对他们说道：“常洛这个孩子很孝顺，我非常喜欢他。你们这些臣子，不要动不动就散布流言，离间我们父子！”他又对朱常洛说：“把你心里的话，都告诉他们吧。”朱常洛只得说：“张差是个疯子，赶快把他处决吧！外面的议论都是不应该的！”事已至此，群臣自然无话可说，“梃击”一案也就不了了之。朱翊钧命令除惩治张差等人外，“不许波及无辜人”，郑贵妃也就从此案中解脱出来。
随即，张差被凌迟处死。司礼监会同九卿、三法司审问庞保、刘成。由于张差已被处死，死无对证，庞保、刘成对张差所供各项俱不承认。正要详加盘问，朱常洛下谕：庞保、刘成二人也许曾虐待过张差，张差为了报复，故意说庞保、刘成主使，不可轻信。会审只得停止。明神宗朱翊钧下令将庞保、刘成二人于宫内处死，以免节外生枝，涉及此案的李守才、马三道等亦发远方戍守。梃击案掀起的轩然大波暂时平息。
值得一提的是，那个为审明案情立过大功的王之宷，案子一了结，立刻被找个借口罢官为民。后来又随着在这个案子几起几落，天启五年（1625年），竟被囚死于狱中。梃击案与宫内权力之争究竟有多大牵连，成为明宫疑案之一。
红丸案
万历末年，阴险毒辣的郑贵妃看到朱常洛的太子地位已不可动摇，便百般讨好朱常洛。郑贵妃开始竭力笼络朱常洛的宠妃李选侍。她们二人谋合，欲以美人计请封皇太后和皇后之号。这个朱常洛也是好色之徒，郑贵妃便投其所好，送了8个美女供他享用。朱常洛身体本来就不好，再加上整天与这些女人淫乐无度，体力透支厉害。在登基仅十多天，就卧床不起了。可是，朱常洛依然没有意识到是有人算计他，照样与这些人鬼混。
有一天晚上，朱常洛服了一粒“红丸”，结果，他服完这粒药丸后，居然精神极度亢奋，竟一连“御幸”数名宫女。“红丸”到底是什么东西？“红丸”又称红铅丸，是宫廷中特制的一种春药。“红丸”的制法很是特别：取童女首次月经盛在金银的容器中，加上夜半的第一滴露水及乌梅等，连煮七次，浓缩为浆。再加上乳香、没药、辰砂、松脂、尿粉等拌匀，以火提炼，最后炼蜜成丸，因其色红，故称“红丸”。
朱常洛服完那两粒红丸后，一连折腾了十多天，终于扛不住了。那晚，侍寝的吴赞连忙请来司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升诊治。崔文升并不知朱常洛是阴虚肾竭，还以为是邪热内蕴，便下了一副泄火的猛药。朱常洛服后一宿腹泻三十余次，危在旦夕。这时，首辅方从哲推荐鸿胪寺丞李可灼给病危之中的朱常洛诊治，李可灼拿出一个红色药丸，用奶调和，给朱常洛服下，服了这丸药，朱常洛厉害的气喘竟然止住了，朱常洛大喜。不久，又传出消息说，朱常洛进药后，暖润舒畅。当夜，李可灼留在宫中。又过了一会儿，传出朱常洛圣旨，想再服一颗，李可灼便又进了一颗。
凌晨，宫中忽然急召群臣，等到大臣们赶去时，朱常洛已经驾崩了。到此时，朱常洛即位才刚满30天。朱常洛驾崩，在宫里引起轩然大波。有人认为，李可灼进的“红色丸药”就是春药“红丸”，才致使朱常洛阴寒大泄。李可灼把春药当补药进上，这是在对症下药；也有人认为，拿春药给危重病人吃，是有悖常理的。李可灼不是御医，却擅自给皇帝吃药。他一定是受人指使，企图谋杀皇上的。在当时那样的情况下，真是人云亦云，说什么的都有。
继朱常洛而后，新登基的明熹宗朱由校迫于舆论压力，罢免了没有力阻李可灼进药的内阁首辅方从哲，李可灼被判流戍，崔文升被贬放南京，“红丸”案就这样草草收场。但朱常洛暴死之谜，始终未解。此后“红丸案”便成为明宫疑案之一。
移宫案
万历四十八年（1620年）七月至九月一日，明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛继位之事，关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。
朱由校是朱常洛的儿子，由于朱常洛本来就不得朱翊钧的宠爱，朱由校自幼也备受冷落，明神宗朱翊钧临死前才留下遗嘱册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人被明光宗朱常洛宠爱的李选侍凌辱致死，王才人临终前留下遗言：“我与西李有仇，负恨难伸。”朱由校从小也受到李选侍的侮辱凌虐，害怕李选侍，性格软弱。
朱常洛即位后，朱由校与李选侍一起迁住乾清宫。不久，朱常洛驾崩，李选侍控制了乾清宫，与太监魏忠贤密谋挟持朱由校，以把持朝政，引起朝臣极力反对。朱常洛驾崩当天，杨涟、刘一燝等朝臣即直奔乾清宫，请见皇长子朱由校，商谈即位之事。
在大臣们的力争下，李选侍才允许朱由校和大臣们见面。杨涟等人见到朱由校，叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，定于当月六日举行登基大典。为朱由校的安全起见，朝臣们暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护其安全。李选侍挟持朱由校的目的落空之后，又提出，凡是大臣的章奏，要先交由她过目，然后再交朱由校，遭到朝臣们的强烈反对。同时，朝臣们又要求李选侍移出乾清宫，遭到李选侍拒绝。
按照礼仪制度，只有皇帝和皇后才能住在乾清宫。