边界流寇事件在《清河新报》的渲染下，很快成为朝野关注的热点。宁王在朝堂上质问秦王：“边界匪患猖獗，百姓苦不堪言，秦王主掌兵部，为何不派兵剿匪？”
秦王辩解：“匪患突生，兵部正在调查。且清河县自有护卫队，足以自保，何须朝廷出兵？”
双方争论不休，皇帝最后下旨，命州府陈文礼“限期剿匪，保境安民”。陈文礼不得不从州府调了一千兵丁，在边界做做样子，剿了几股小山贼，算是交差。真正的“流寇”，早不知跑哪去了。
经此一事，秦王暂时收敛，不敢再明目张胆搞事。张全在京城又住了半个月，等捐款物资准备妥当，由工部接收，宁王派人监督押运，这才启程返回清河县。
回程路上，张全一直在想显微镜的事。在京城时，他让老吴加紧研制，算算时间，应该快有眉目了。
“系统，查询当前积分和科技进度。”
“叮！当前积分：422分。科技进度：显微镜（研制中，预计十五天完成）。
积分又涨了165分，不错。显微镜还要半个月，回去正好赶上。
十天后，张全回到清河县。百姓们夹道欢迎，热闹非凡。李福等人早就在城门口等候，见到张全平安归来，都松了口气。
“侯爷，您可回来了！”李福激动道，“您不知道，这一个月，咱们提心吊胆，生怕您在京城出事。”
“我这不是好好的？”张全笑道，“家里怎么样？”
“好，好得很！”周铁锤抢着说，“侯爷，显微镜有突破了！老吴带着人，磨出了高倍透镜，能看到水里的小虫子了！”
“哦？快去看看！”
一行人来到格物所。老吴正带着几个学生，围着一个铜制镜筒忙碌。见张全来了，老吴兴奋地捧起镜筒：“侯爷，您看，这就是显微镜！能放大五百倍，能看到水里游动的小虫！”
张全接过显微镜。镜筒一尺长，下端是载物台，可放样品；上端是目镜，用凸透镜组合；中间是物镜，也是凸透镜。虽然简陋，但原理正确。他让人取来一滴池塘水，放在载物台的玻璃片上，调整焦距，凑近目镜。
视野里，一群微小的生物在游动，有的像小鞋，有的像长虫，有的像圆球。这是原生动物和藻类，在这个时代，是第一次被人类清晰看见。
“好！太好了！”张全赞道，“老吴，你们立了大功！这东西，是医学的千里眼！”
“医学？”老吴不解。
“对，医学。”张全解释，“人为什么会生病？伤口为什么会化脓？水为什么不干净？以前咱们不知道。有了显微镜，就能看到微小的生物——咱们叫它‘细菌’。细菌有好有坏，坏的细菌进入人体，就会让人生病。看到细菌，咱们就能想办法杀灭它，预防疾病。”
“这……这能行吗？”众人将信将疑。
“试试就知道。”张全道，“去惠民药局，请孙先生来。”
惠民药局的孙先生很快来了，他是清河县最好的郎中，五十多岁，医术精湛。张全让他用显微镜看池塘水，孙先生看了半天，脸色变了。
“这……这是何物？水里怎有这么多小虫？”
“这就是细菌，有些会让人生病。”张全道，“孙先生，您平时处理伤口，用的是什么？”
“用清水洗净，敷上金疮药。”
“清水洗不干净细菌，金疮药也杀不死细菌。所以伤口容易化脓，甚至溃烂。”张全让人取来酒精——这是化工厂的新产品，用粮食蒸馏提纯，有七十五度。“您用这酒精擦洗伤口，再用煮沸过的纱布包扎，看看效果。”
孙先生将信将疑，但张全的话，他不敢不信。正好药局有个伤员，腿上伤口化脓，高烧不退。孙先生按张全的法子，用酒精擦洗伤口，用煮沸过的纱布包扎，又开了退烧药。三天后，伤员退烧了，伤口开始愈合，没有化脓。
“神了！真神了！”孙先生激动了，“侯爷，这酒精，这显微镜，是神医利器啊！有了它们，咱们能救多少人！”
“这才刚开始。”张全道，“孙先生，咱们要建‘微生物研究所’，专门研究细菌。您来当所长，从书院医学科学挑选学生。咱们要弄清楚，哪些细菌致病，怎么传播，怎么预防，怎么治疗。这是千秋功业。”
“老朽愿效犬马之劳！”孙先生深深一躬。
微生物研究所很快成立，就在惠民药局旁边，占地五亩。张全拨了五千两银子，购置设备，招募人员。孙先生带着学生们，开始了这个时代最前沿的医学研究。
他们用显微镜观察病人的脓液、血液、排泄物，发现了链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌等致病菌。他们试验各种消毒方法：酒精、煮沸、石灰水、阳光暴晒。他们开始研究“隔离”制度，将传染病人单独安置，防止扩散。
一个月后，清河县爆发了一场小规模的“痢疾”，几十人上吐下泻。孙先生用显微镜检查病人粪便，发现了痢疾杆菌。他立即建议：隔离病人，消毒衣物，煮沸饮水，饭前便后洗手。同时，用中药方剂治疗。
措施严格执行，疫情很快控制，只有三人死亡——都是体弱的老人。而在以往，这样的疫情至少要死几十人。
显微镜和微生物学的威力，初显峥嵘。
“侯爷，这显微镜，该献给朝廷吗？”程文理问。
“献，但要等等。”张全道，“等咱们的研究更深入，有了成套的防治方法，再献不迟。现在献上去，朝廷那帮太医，要么不信，要么乱用，反而误事。咱们先在自己的医院用，积累经验，培养人才。”
“明白了。”
显微镜的成功，让张全看到了科技对民生改善的巨大作用。他决定加大科研投入，成立“清河科学院”，下设格物所、化工厂、微生物所、机械所、农学所，每年拨十万两经费，支持基础研究。
“侯爷，十万两是不是太多了？”李福心疼，“咱们刚捐了二十万两，还要养军队，搞建设，钱紧张啊。”
“再紧张，科研不能停。”张全道，“科技是第一生产力。没有新技术，咱们就会被人赶上，甚至超越。你看秦王，为什么总盯着咱们的技术？因为他知道，技术是根本。咱们要一直领先，就得不断研发，不断创新。”
“是，明白了。”
科学院成立了，张全亲自担任院长，程文理、老吴、周铁锤、孙先生等为副院长。第一批招了二百名学生，从各工坊、书院选拔，专攻科研。张全定期上课，讲基础科学知识，讲科研方法，讲创新思维。
“同学们，科学是什么？”张全在第一堂课上问，“科学是认识世界、改造世界的方法。咱们格物，不是奇技淫巧，是求真务实。咱们做研究，不是为了功名利禄，是为了让百姓过得更好。你们要记住，你们的使命，是推动时代进步，是造福黎民苍生。”
学生们热血沸腾，他们大多出身贫寒，进了书院，学了知识，现在有机会参与最高端的研究，个个珍惜。
科研步入正轨，张全把注意力转回边界。流寇事件后，边界安静了一阵，但内务处传来消息，秦王在秘密调兵，陈文礼也在囤积粮草，似乎有大的动作。
“侯爷，秦王调了五千精兵，驻扎在州府城外，说是‘例行操练’。”栓子汇报，“陈文礼在周边各县征粮，比往年多征三成。我看，他们是在为打仗做准备。”
“五千精兵……”张全沉吟，“咱们清河卫现在多少人？”
“明面三千，实则五千。其中一千是骑兵，两千是步兵，一千是弓弩手，还有一千是工兵和后勤。装备齐全，训练充足。但对付五千朝廷精兵，还是吃力。”
“不能硬拼，要智取。”张全道，“秦王若真敢派兵来，咱们就让他有来无回。不过，现在还没到那一步。栓子，让你的人继续盯着，一有异动，立即来报。”
“是！”
“另外，让陈豹加强训练，特别是夜战、巷战、山地战。咱们的地形是优势，要利用好。火药工坊加紧生产，硝化甘油要慎用，但黑火